Der Name des Ortes Prnjavor stammt aus dem griechischen Wort Pronija, das im byzantinischen Verwaltungssystem den weltlichen und kirchlichen Besitz bezeichnete. Prnjavor war  wahrscheinlich Pronija (Besitz) einer in der Nähe gelegenen orthodoxen Klöster. Tatsache ist, dass sich in unmittelbarer Nähe von Prnjavor die Klöster Stuplje, Liplje, Donji Detlak und Osovica befinden.

Das Gebiet der Gemeinde Prnjavor war schon in der Vorgeschichte besiedelt, wie die archäologischen Stätten an verschiedenen Stellen belegen. Die bedeutendsten Spuren der prähistorischen Zivilisation wurden auf dem Hügel Luščić in der Nähe vom Kurort  Kulaši gefunden, wo die Reste der Siedlung aus Paläolithikum und eine der wichtigsten Stätten aus der früheren Steinzeit in Nordbosnien gefunden wurden. Gleichzeitig wurden in den Dörfern Popovići und Štrpci die Artefakte gefunden, die Existenz eines modernen Menschen, d.h. Homo Sapiens zeigen.   In der Gemeinde Prnjavor gibt es neben der prähistorischen Zeit auch Stätten, die zur römischen Herrschaft und zur Zeit des Mittelalters gehören.

Es wird angenommen, dass Prnjavor im 16. Jahrhundert entstanden ist, obwohl die erste schriftliche Spur der Siedlung von Prnjavor bis zum Ende des 17. Jahrhunderts zurückgeht und in einem österreichischen Militärbericht eines unbekannten Autors von 1688 bis 1699 gefunden wurde. Im Gebiet zwischen Vrbas und Ukrina gibt es zwei kleinere Siedlungen: Prnjavor (Bernjavor) und Lessnia, kleine Marktplätze, je ca. 80 Häuser. Prnjavor wurde zum ersten Mal erwähnt auch in einer  Schrift von 1725, und im Jahr 1780 wird detaillierter und ausführlicher beschrieben. Im 19. Jahrhundert ist der Name von Prnjavor in schriftlichen Quellen weitaus häufiger.

In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts erlebt die Entwicklung von Handels- und Gewerbefamilien einen besonderen Fortschritt, die Prnjavor enger mit anderen Gebieten in Bosnien und Herzegowina und weitaus verbunden hat. In diesem Sinne sind die Familien  Trifkovic, Stankovic, Markovic, Jovanovic, Ostojic, Bajic und anderen von größerer  Bedeutung. Die intensivere wirtschaftliche Entwicklung erlebt Prnjavor am Ende des 19. Jahrhunderts, als sich nach der Politik der österreichisch-ungarischen Monarchie zahlreiche Angehörige verschiedener Nationen in dieser Region niederließen: Italiener, Ukrainer, Tschechen, Slowaken, Deutsche, Ungarn, Juden, Roma und andere Völker. Am Ende des 19. und Anfang des 20. Jahrhunderts durchgeführte Volkszählung bestätigte die Präsenz von 19 verschiedenen Nationen in dieser Region. Aus dieser Zeit war der Name “Kleines Europa” geblieben, der heute noch diese Region prägt. Dann erlebt Prnjavor eine stärkere Verstädterung und Entwicklung in architektonischer und baulicher Hinsicht.

Außer heiligen Objekten mit bescheidenem Aussehen, die in früheren Zeiten existierten, werden neue Objekte und bedeutende Objekte gebaut, die zur Physiognomie des Ortes beitragen. Eine besonders wichtige Zeit war von 1896 bis 1904, als in Prnjavor ein Gebäude errichtet wurde, das als Sitz der von Österreichisch-Ungarischen Monarchie ernannten Bezirksvorsteher dienen wird, dann das Krankenhaus, das Hotel “Popović”, die erweiterten Straßen und die Bürgersteige, gepflanzte Allee u.a..

In Prnjavor wurde 1842 eine serbische, konfessionelle Schule eröffnet, und ab dem Schuljahr 1886/87 begann die staatliche, kommunale Schule zu arbeiten, so dass nach dem Ende des Ersten Weltkrieges und der Schaffung des Königreichs der Serben, Kroaten und Slowenen nur staatliche Schule in Prnjavor arbeitete.

Im Ersten Weltkrieg wurde Prnjavor am 21. November 1918 befreit, als die von Leutnant Ratko Blagotic angeführte serbische Armee die Stadt erreichte. Bis zum Ende des Ersten Weltkrieges wurde der Bezirk Prnjavor Teil des Königreichs der Serben, Kroaten und Slowenen und später, mit der neuen staatlichen Territorialreform von 1929 wurde Prnjavor ein Teil von Vrbas banovina (Bezirk) und des Königreichs Jugoslawien .  Diese Zeit ist durch eine intensive Wirtschafts- und Stadtentwicklung gekennzeichnet, und Prnjavor hat sich nach der Agrarreform zum Regionalzentrum  und zum Verwaltungs-, Kultur- und Bildungszentrum entwickelt.

Prnjavor wurde am 10. Juli 1943 im Zweiten Weltkrieg von der V Brigade aus Kozarac und der einheimischen Brigade  befreit.

Nach dem Zweiten Weltkrieg, genauer gesagt im Jahr 1951, als Teil der Sozialistischen Republik  Bosnien und Herzegowina, bzw. der Sozialistischen Föderativen Republik Jugoslawien, wurde Prnjavor auf der ungefähren heutigen Fläche der  Gemeinde gebildet. Die Stadt Prnjavor erhielt dann die Funktion des städtischen Verwaltungszentrums. In den vergangenen sechzig Jahren wurden in diesem Gebiet bedeutende wirtschaftliche Kapazitäten und Infrastrukturen entwickelt, und das städtische Zentrum nimmt die Merkmale der städtischen Siedlung an, dank derer es in einem funktionalen Sinn in den benachbarten Siedlungen wirkt.