Име мјеста Прњавор  грчког је поријекла и долази од ријечи Пронија која је у византијском управно – административном систему означавала свјетовно и црквено имање. Прњавор је вјероватно био пронија неког од оближњих православних манастира. У прилог томе говори и чињеница да се у непосредној близини Прњавора налазе манастири Ступље, Липље, Доњи Детлак, Осовица.

Подручје Прњавора било је насељено још у праисторијско доба, о чему свједоче археолошка налазишта на неколико локалитета. Најзначајнији трагови праисторијске цивилизације пронађени су на брежуљку Лушчић у непосредној близини Бање Кулаши, гдје су лоцирани остаци насеља из времена палеолита и једно је од најважнијих локалитета из периода старијег каменог доба у Сјеверној Босни, док су у селима Поповићи и Штрпци пронађени артефакти који указују на присуство савременог човјека, тј. homo sapiens-а. Осим из праисторијског периода, на простору Прњавора има и локалитета који припадају периоду римске владавине и периоду средњег вијека.

Сматра се да је Прњавор настао у XVI вијеку, иако први писани траг о насељу Прњавор потиче тек с краја XVII вијека, а налази се у  једном аустријском војничком извјештају непознатог аутора из времена 1688 – 1699. године. У њему је забиљежено да се на подручју између Врбаса и Укрине налазе, између осталих, и два мања насеља: Прњавор (Bernjavor) и Лишња (Lessnia),  мала трговишта, свако по 80 – ак кућа. Помен Прњавора налазимо такође у једном спису из 1725. године, а постоји нешто детаљнији опис Прњавора из 1780. године. У XIX вијеку помени Прњавора у писаним изворима су много чешћи.

Посебан напредак мјесто доживљава у другој половини XIX вијека развијањем трговине и трговачких породица, које су Прњавор у већој мјери повезале са другим срединама у Босни и Херцеговини, па и шире. У том смислу значајне су породице Трифковић, Станковић, Марковић, Јовановић, Остојић, Бајић и др. Такође, интензивнији привредни развој Прњавор доживљава крајем XIX вијека када се на ово подручје, у складу са политиком владајуће Аустроугарске, досељава велики број припадника различитих нација: Италијана, Украјинаца, Чеха, Словака, Нијемаца, Мађара, Јевреја, Рома и других народа. Пописом становништва који је спроведен крајем XIX и почетком XX вијека, потврђено је присуство 19 различитих нација на овом подручју, а из тог периода остао је назив „Мала Европа“, како и данас означавају овај крај. Тада Прњавор доживљава већу урбанизацију и развој у архитектонско – грађевинском смислу. Осим сакралних објеката скромног изгледа који су постојали у ранијем времену, граде се и нови, а подижу се и значајни објекти који ће допринијети физиономији мјеста. По томе је посебно битан период од 1896. до 1904. године када је у Прњавору подигнута зграда која ће служити као сједиште котарских предстојника које је постављала Аустроугарска, затим болница, хотел „Поповић“, проширене улице и урађени тротоари, засађен дио дрвореда и сл.

У Прњавору је 1842. године, отворена српска, конфесионална школа, а од школске 1886/87. године, почиње са радом државна, комунална школа, да би након завршетка Првог свјетског рата и стварања Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца, у Прњавору радила само државна школа.

Прњавор је у Првом свјетском рату ослобођен на Аранђеловдан, 21. новембра 1918. године, када је српска војска на челу са потпоручником Ратком Благотићем ушла у град. Завршетком Првог свјетског рата, котар Прњавор улази у састав Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца, односно касније, новим државним територијалним преуређењем из 1929. године, постаје дио Врбаске бановине и Краљевине Југославије. Овај период карактерише интензивни привредни и урбани развој, а Прњавор након аграрне реформе постаје средиште среза и административно, културно и образовно средиште.

Прњавор је у Другом свјетском рату ослобођен 10. јула 1943. године, акцијом V козарачке бригаде и Прњаворског одреда.

Након Другог свјетског рата, тачније 1951. године, као дио СР БиХ, односно СФРЈ, на површини приближно данашњој, формира се општина Прњавор, а насеље Прњавор добија функцију општинског административног центра. У протеклих шездесетак година, на овом подручју развијају се значајни привредни капацитети и инфраструктура, а општинско средиште поприма одлике урбаног насеља, захваљујући којима у функционалном смислу дјелује на околна насеља.

Народна скупштина Републике Српске усвојила је на другој редовној сједници одржаној 23. марта 2023. године Закон о Граду Прњавор који је ступио на снагу 14. априла 2023. године.

Значајни објекти града кроз историју: