Ime mjesta Prnjavor  grčkog je porijekla i dolazi od riječi Pronija koja je u vizantijskom upravno – administrativnom sistemu označavala svjetovno i crkveno imanje. Prnjavor je vjerovatno bio pronija nekog od obližnjih pravoslavnih manastira. U prilog tome govori i činjenica da se u neposrednoj blizini Prnjavora nalaze manastiri Stuplje, Liplje, Donji Detlak, Osovica.

Područje Prnjavora bilo je naseljeno još u praistorijsko doba, o čemu svjedoče arheološka nalazišta na nekoliko lokaliteta. Najznačajniji tragovi praistorijske civilizacije pronađeni su na brežuljku Luščić u neposrednoj blizini Banje Kulaši, gdje su locirani ostaci naselja iz vremena paleolita i jedno je od najvažnijih lokaliteta iz perioda starijeg kamenog doba u Sjevernoj Bosni, dok su u selima Popovići i Štrpci pronađeni artefakti koji ukazuju na prisustvo savremenog čovjeka, tj. homo sapiens-a. Osim iz praistorijskog perioda, na prostoru Prnjavora ima i lokaliteta koji pripadaju periodu rimske vladavine i periodu srednjeg vijeka.

Smatra se da je Prnjavor nastao u XVI vijeku, iako prvi pisani trag o naselju Prnjavor potiče tek s kraja XVII vijeka, a nalazi se u  jednom austrijskom vojničkom izvještaju nepoznatog autora iz vremena 1688 – 1699. godine. U njemu je zabilježeno da se na području između Vrbasa i Ukrine nalaze, između ostalih, i dva manja naselja: Prnjavor (Bernjavor) i Lišnja (Lessnia),  mala trgovišta, svako po 80 – ak kuća. Pomen Prnjavora nalazimo takođe u jednom spisu iz 1725. godine, a postoji nešto detaljniji opis Prnjavora iz 1780. godine. U XIX vijeku pomeni Prnjavora u pisanim izvorima su mnogo češći.

Poseban napredak mjesto doživljava u drugoj polovini XIX vijeka razvijanjem trgovine i trgovačkih porodica, koje su Prnjavor u većoj mjeri povezale sa drugim sredinama u Bosni i Hercegovini, pa i šire. U tom smislu značajne su porodice Trifković, Stanković, Marković, Jovanović, Ostojić, Bajić i dr. Takođe, intenzivniji privredni razvoj Prnjavor doživljava krajem XIX vijeka kada se na ovo područje, u skladu sa politikom vladajuće Austrougarske, doseljava veliki broj pripadnika različitih nacija: Italijana, Ukrajinaca, Čeha, Slovaka, Nijemaca, Mađara, Jevreja, Roma i drugih naroda. Popisom stanovništva koji je sproveden krajem XIX i početkom XX vijeka, potvrđeno je prisustvo 19 različitih nacija na ovom području, a iz tog perioda ostao je naziv „Mala Evropa“, kako i danas označavaju ovaj kraj. Tada Prnjavor doživljava veću urbanizaciju i razvoj u arhitektonsko – građevinskom smislu. Osim sakralnih objekata skromnog izgleda koji su postojali u ranijem vremenu, grade se i novi, a podižu se i značajni objekti koji će doprinijeti fizionomiji mjesta. Po tome je posebno bitan period od 1896. do 1904. godine kada je u Prnjavoru podignuta zgrada koja će služiti kao sjedište kotarskih predstojnika koje je postavljala Austrougarska, zatim bolnica, hotel „Popović“, proširene ulice i urađeni trotoari, zasađen dio drvoreda i sl.

U Prnjavoru je 1842. godine, otvorena srpska, konfesionalna škola, a od školske 1886/87. godine, počinje sa radom državna, komunalna škola, da bi nakon završetka Prvog svjetskog rata i stvaranja Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca, u Prnjavoru radila samo državna škola.

Prnjavor je u Prvom svjetskom ratu oslobođen na Aranđelovdan, 21. novembra 1918. godine, kada je srpska vojska na čelu sa potporučnikom Ratkom Blagotićem ušla u grad. Završetkom Prvog svjetskog rata, kotar Prnjavor ulazi u sastav Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca, odnosno kasnije, novim državnim teritorijalnim preuređenjem iz 1929. godine, postaje dio Vrbaske banovine i Kraljevine Jugoslavije. Ovaj period karakteriše intenzivni privredni i urbani razvoj, a Prnjavor nakon agrarne reforme postaje središte sreza i administrativno, kulturno i obrazovno središte.

Prnjavor je u Drugom svjetskom ratu oslobođen 10. jula 1943. godine, akcijom V kozaračke brigade i Prnjavorskog odreda.

Nakon Drugog svjetskog rata, tačnije 1951. godine, kao dio SR BiH, odnosno SFRJ, na površini približno današnjoj, formira se opština Prnjavor, a naselje Prnjavor dobija funkciju opštinskog administrativnog centra. U proteklih šezdesetak godina, na ovom području razvijaju se značajni privredni kapaciteti i infrastruktura, a opštinsko središte poprima odlike urbanog naselja, zahvaljujući kojima u funkcionalnom smislu djeluje na okolna naselja.

Narodna skupština Republike Srpske usvojila je na drugoj redovnoj sjednici održanoj 23. marta 2023. godine Zakon o Gradu Prnjavor koji je stupio na snagu 14. aprila 2023. godine.

Značajni objekti grada kroz istoriju: